I Gruppi di Preghiera sono frutto del Ministero di Padre Pio. Ai fedeli che andavano da lui Padre Pio raccomandava di pregare. La preghiera costituiva il tessuto del suo insegnamento spicciolo di tutti i giorni, nel confessionale e con il suo esempio. A poco a poco le anime da lui formate sentivano il bisogno di riunirsi per pregare in comune. Dappertutto sorgevano così nuclei di fedeli collegati con la "Casa Sollievo della Sofferenza" che stava sorgendo, e che dava loro, attingendole dalla bocca stessa di Padre Pio, le prime regole per la loro corretta funzionalità. Li guidava, li ammoniva, se necessario, correggendone la rotta. Attenendosi scrupolosamente ai desideri di Padre Pio. I Gruppi, come organizzazione, sono nati nella "Casa Sollievo della Sofferenza". Fin dall'inizio di questa, dai suoi primi passi. Quando era ancora in costruzione: edificio ingabbiato nelle impalcature e del tutto grezzo. Ma già era viva da anni l'idea, il pensiero di Padre Pio circa il sollievo della sofferenza che i suoi figli spirituali divulgavano, trasmettevano con parola, con lettere, con i depliants. L'Opera come missione, come apostolato, già c'era. Basata sulla preghiera che andava diramandosi in gruppi spontanei, uniti dall'affetto a Padre Pio. La "Casa Sollievo della Sofferenza" colse questi palpiti, questi entusiasmi, questo naturale aggregarsi di spiriti, di cuori, attorno ad essa. E prese a guidare, tutelare, istruire i gruppi, attingendo da Padre Pio i criteri per la loro attività. Criteri ben precisi, ai quali dovevano attenersi se volevano dirsi Gruppi di Preghiera. Perfino questa denominazione era nata nella Casa. Comparve per la prima volta sul bollettino della Casa Sollievo, nel giugno 1950, scritta da Guglielmo Sanguinetti, che tutte le sere riceveva da Padre Pio nella sua cella istruzioni per l'Opera che nasceva, e forza e luce per il suo spirito. I Gruppi oggi sono dappertutto: nelle parrocchie, nei conventi, nei monasteri, negli ospedali. Sotto la guida di direttori spirituali d'ogni Ordine e abito. Accomunati dall'amore a Padre Pio. E' questa universalità, questo respiro ampio, in sintonia con quello della Chiesa, che costituisce il merito e il vanto dell'Opera di Padre Pio.

I Gruppi di Preghiera, sorti per l’intuizione di Padre Pio da Pietrelcina in vista dei bisogni spirituali della nostra epoca, intendono cooperare alla realizzazione del Regno di Dio, secondo l’insegnamento di Gesù, che ha ripetutamente insistito sulla necessità della preghiera e ce ne ha indicato il modo. Essi intendono agire in obbedienza ai ripetuti inviti in tal senso lanciati dai Sommi Pontefici e dalla Gerarchia, secondo la tradizione mirabilmente espressa dai Concili Ecumenici, e specialmente dal Concilio Vaticano II. I Gruppi si propongono di seguire i principi generali della spiritualità francescana di Padre Pio:

1. Adesione piena e incondizionata alla dottrina della Chiesa Cattolica, guidata dal Papa e dai Vescovi.
2. Obbedienza al Papa e ai Vescovi, di cui è portavoce all’interno del Gruppo il Sacerdote Direttore Spirituale nominato dal Vescovo.
3. Preghiera con la Chiesa, per la Chiesa e nella Chiesa, con la partecipazione attiva alla vita liturgica e seriamente vissuta come vertice dell’intima comunione con Dio.
4. Riparazione mediante la partecipazione alle sofferenze di Cristo, secondo l’insegnamento di San Paolo.
5. Carità fattiva ed operosa a sollievo dei sofferenti e dei bisognosi come attuazione pratica della carità verso Dio.

I Gruppi di Preghiera hanno nel particolare carisma di preghiera di Padre Pio come un dono testamentario da vivere e da costantemente sviluppare. Mentre, però, accolgono i contenuti essenziali dell'esperienza del Fondatore, fanno nella Chiesa e con la Chiesa un cammino spirituale lungo i percorsi della Storia. In questo spirito, se il luogo preferenziale degli incontri è l'ambito della parrocchia, alla luce dell'esperienza delle prime comunità cristiane descritte dagli Atti degli Apostoli, i Gruppi possono riunirsi in luoghi diversi come ospedali e carceri, in modo da coinvolgere quegli ambienti che con più difficoltà sperimentano la vita ecclesiale. La famiglia spirituale scaturita dall'irradiazione del carisma di preghiera del Padre, è tanto vasta da abbracciare ogni categoria di persone: sacerdoti, religiosi, laici, fedeli d'ogni età e condizione. In tal modo i Gruppi di Preghiera si mostrano, secondo le parole di Paolo VI, come una sorgente, dalla quale si sviluppa un grande fiume. I Gruppi si muovono, alla luce dello Statuto, per realizzare una carità fattiva ed operosa a sollievo dei sofferenti e dei bisognosi come attuazione pratica dell'amore verso Dio. La preghiera, quando è esperienza autentica di incontro con Dio, non è mai sterile e non si esaurisce nelle pratiche di pietà, anzi fiorisce in opere di carità verso il prossimo. Papa Giovanni Paolo II, parlando ai Gruppi di Preghiera della vita spirituale incentrata sull'Eucarestia e la riconciliazione, afferma che tale "dinamismo non mancherà di tradursi in fattivo amore verso i fratelli, specialmente verso quelli che sono nella sofferenza e nel bisogno. Anche in questo Padre Pio vi è di esempio" (discorso del 1996). Per un concreto riferimento riportiamo delle piste nelle quali i Gruppi potranno impegnarsi secondo le proprie attitudini e le molteplici necessità e che, naturalmente, vogliono essere aggiornate secondo le esigenze del tempo e dell'ambiente: l'assistenza ai malati, l'educazione della gioventù, il sostegno alla vita, l'assistenza degli extra-comunitari, le comunicazioni sociali, e altre. Inoltre, se gli aderenti ai Gruppi di Preghiera non possono sentirsi dispensati dalla "carità fattiva", volendo impegnarsi nel sociale è bene ricordare che, come Gruppo, non possono prendere nessuna iniziativa senza l'approvazione e al di fuori della programmazione pastorale della Chiesa locale e diocesana. Nello Statuto dei Gruppi di Preghiera all'articolo 2, leggiamo: "Gli aderenti ai Gruppi cureranno la loro formazione spirituale partecipando alle riunioni dedicate all'approfondimento della dottrina cattolica". Esplicito è anche l'invito di Giovanni Paolo II a curare la formazione cristiana dei Gruppi con una approfondita catechesi, presupposto per una coerente testimonianza di fede per le vie del mondo: "I vostri incontri di preghiera - ammonisce nell'incontro del 1998 - siano sempre occasione di approfondita catechesi e stimolo alla serena e coraggiosa coerenza cristiana". Il cardinale Carlo Maria Martini, a sua volta, augura che "dai vostri Gruppi nasca questo grande movimento di preghiera della parola di Dio, della meditazione del Vangelo, dei Salmi, di san Paolo, delle pagine della Scrittura" (Omelia per i Gruppi di Preghiera di Padre Pio, 6 febbraio 1994). Padre Pio visse questa realtà. Non sono poche le espressioni che indirizza ai suoi figli spirituali, nelle quali esorta alla meditazione assidua della Parola di Dio. A chi gli chiede quali libri spirituali debba leggere, Padre Pio risponde di preferire la Bibbia e la antepone alla stessa orazione e meditazione "perchè nell'orazione e meditazione siamo noi che parliamo al Signore, mentre nella santa lettura è Dio che parla a noi" (Epist. II, p.129).

L'organizzazione dei Gruppi di Preghiera è molto semplice. Basta un gruppo di fedeli che intenda riunirsi per pregare in comune, e un sacerdote che li guidi con l'approvazione del proprio Vescovo, per costituire un Gruppo di Preghiera, che si riunisca periodicamente, per lo più una volta al mese in un giorno sempre fisso, in una chiesa, per ascoltare la Messa, pregare, meditare, ascoltare la parola di Dio. Non ci sono regole speciali per queste riunioni. Ogni gruppo può svolgere un suo programma autonomo, sotto la direzione di un Direttore Spirituale, e la guida laica di un Capo Gruppo. L'attività di ogni Gruppo dipende dalla diligenza e dal fervore apostolico dei propri dirigenti, e può estrinsecarsi anche in iniziative che investono, oltre che il Gruppo stesso, anche la più larga comunità parrocchiale, diocesana e oltre. La struttura organizzativa è in piena armonia con la struttura gerarchica della Chiesa, con la presenza assolutamente necessaria del Sacerdote Direttore Spirituale nominato dal Vescovo, garante della formazione spirituale e dell'adesione dottrinale del Gruppo alle direttive del magistero della Chiesa. La nomina del Capo Gruppo riservata al Vescovo su designazione degli aderenti e con votazione svolte alla presenza di un Sacerdote incaricato dal Vescovo, costituisce una garanzia di fedeltà alla Chiesa. Al Vescovo è riservata anche la nomina del Sacerdote Coordinatore Diocesano dei Gruppi, mentre è di competenza della Conferenza Episcopale Regionale o Nazionale la nomina del Coordinatore Regionale o Nazionale. Il diploma di aggregazione al Centro Internazionale dei Gruppi di Preghiera che ha sede nella Casa Sollievo della Sofferenza è il segno esterno di unione dei Gruppi al suddetto Centro istituito da Padre Pio, a cui tutti i Gruppi periodicamente invieranno relazione delle attività svolte, in modo che la Direzione Generale possa redigere la relazione annuale da inviare al Cardinale Segretario di Stato. Questo legame speciale con la Santa Sede e con il Santo Padre è un altissimo onore per i Gruppi di Preghiera, ma deve costituire anche un costante impegno della Direzione Generale con il Consiglio Generale e tutti i Gruppi di Preghiera sparsi in tutto il mondo ad operare in piena adesione alle direttive del Santo Padre.